Ingénieur / Ingénieure de recherche scientifique (H/F)

Mission : Dans le cadre d'un projet international de thérapie génique pour le syndrome de Dravet, l'agent contribuera activement à l'évaluation des vecteurs viraux développés au laboratoire, en particulier à travers :

• Le développement, l'implémentation et l'optimisation de workflows semi-automatisés pour quantifier la transduction virale dans des tissus cérébraux.
• L'analyse d'images issues de la microscopie confocale et à champ large, en lien avec les marquages cellulaires et les zones de transduction.
• La participation à l'analyse de données transcriptomiques (bulk et single-cell RNA-seq) et de transcriptomique spatiale, en collaboration avec les plateformes et les équipes bioinformatiques.
• L'intégration des résultats d'imagerie et d'analyse génomique pour aider à cartographier les réseaux neuronaux modifiés suite à l'injection des vecteurs viraux.
• La documentation des analyses, la rédaction de protocoles, et la participation à la valorisation scientifique du projet (rapports, publications, présentations).
• Concevoir et développer des applications et outils logiciels dédiés à l'analyse d'images (interfaces utilisateur, plugins, scripts packagés), permettant aux biologistes de l'équipe d'exécuter les pipelines de façon autonome.

Activités :

• Prétraitement, segmentation et quantification d'images issues d'immunohistochimie et d'immunofluorescence sur tissu cérébral (modèles murins).
• Utilisation de logiciels tels que Fiji/ImageJ, QuPath, Cellpose, ilastik, et outils de traitement par scripts personnalisés (Python ou R).
• Développement ou adaptation de workflows automatisés pour l'analyse d'images en grand volume (batch analysis), incluant la reconnaissance cellulaire, la mesure d'intensité et la cartographie des signaux.
• Contribution à l'analyse de données transcriptomiques et spatiales, en lien avec les résultats d'imagerie (compétences en visualisation, clustering, annotation cellulaire).
• Collaboration étroite avec les biologistes, virologues, et bioinformaticiens du laboratoire ainsi qu'avec la plateforme d'analyse de l'IGMM.
• Participation à l'interprétation biologique des données et à la formulation d'hypothèses sur les effets de la thérapie génique sur les circuits neuronaux.
• Documentation précise des workflows utilisés, mise en place de procédures reproductibles (versioning, traçabilité), et participation à la diffusion scientifique des résultats.
• Développement, test et maintenance d'applications d'analyse d'images (par ex. plugins Fiji/ImageJ, extensions QuPath, applications Python), incluant la gestion des versions (Git) et la rédaction de la documentation utilisateur.