Ingénieur / Ingénieure de recherche scientifique (H/F)

Mission : Nous étudions le processus d'élimination programmée de l'ADN (PDE) chez des nématodes non parasites, du genre Mesorhabditis. Chez les nématodes, la PDE implique la destruction systématique de certaines parties des chromosomes dans toutes les cellules somatiques au cours du développement embryonnaire précoce. En conséquence, les individus adultes possèdent deux génomes : un génome complet dans les cellules germinales et un génome réduit et fragmenté dans les cellules somatiques.

Nous caractérisons le processus de PDE chez les nématodes du genre Mesorhabditis en utilisant des approches à la fois génomiques et fonctionnelles. Nous avons récemment découvert qu'un motif particulier détermine avec précision les sites où des cassures double brin sont induites lors de la PDE, et que ce motif est soumis à de fortes contraintes au niveau de sa séquence (données non publiées). Bien que ce motif soit présent chez toutes les espèces de Mesorhabditis étudiées à ce jour, nous ne disposions pas, jusqu'à récemment, de la résolution phylogénétique nécessaire pour caractériser les forces sélectives s'exerçant sur ce motif ainsi que, plus généralement, sur le processus de PDE lui-même.

Nous produisons actuellement des données à cette fin, sous la forme de données de génétique des populations pour une espèce spécifique de Mesorhabditis et de génomes d'espèces étroitement apparentées dans le genre. Dans ce contexte, nous recherchons un ingénieur de recherche en bio-informatique pour exploiter ces données afin de caractériser finement les forces sélectives (sélection purificatrice, sélection positive, dérive génétique) s'exerçant sur le motif PDE chez Mesorhabditis, ainsi que sur d'autres éléments génomiques soupçonnés de jouer un rôle dans ce processus, à savoir les éléments transposables.

Activités : Vous jouerez un rôle central dans un projet ambitieux visant à caractériser les forces sélectives agissant sur l'élimination programmée de l'ADN chez les nématodes.

Les taches principales seront:

• Tâche 1: Assembler les génomes de 10 souches d'une espèce de Mesorhabditis, M. belari, ainsi que quelques espèces proches, en utilisant la technologie long-read PacBio HiFi data + Hi-C et réaliser des contrôles qualité dans assemblages obtenus.
• Tâche 2: Annotater le génome de reference de M. belari (que nous avons déjà) pour les éléments répétés: élements transposables et satellites. Un traitement manuel des annotations pour certaines familles de transposons d'interet sera probablement necessaire.
• Tâche 3: Réaliser un appel de variants contre le génome de reference de M. belari pour les nouveaux génomes, recherchant des variants de types SNPs, INDELS, et des variants structuraux. Au sein des variants structuraux, nous chercherons particulièrement les évidences de mobilités d'elements transposables.