Ingénieur / Ingénieure de recherche scientifique (H/F)

Mission : Sous la responsabilité de l'équipe de recherche et développement de la plateforme d'imagerie photonique UTechS Photonic Bio Imaging (PBI) de l'Institut Pasteur, l'ingénieur/e participera au transfert vers le service de la plateforme du workflow SCALE (Spatial Cleared-tissue Affordable Multiplexed Expression mapping), financé par France-BioImaging dans le cadre de l'appel à projets Tech Transfer to Core Facilities 2026.

L'objectif principal est de transformer les développements méthodologiques actuels en un service ouvert et standardisé de transcriptomique spatiale pour tissus 3D épais. Le/La candidat/e sera chargé/e de consolider les protocoles de clearing, d'hybridation in situ (smFISH, HCR multispectral, AutoFISH séquentiel), d'acquisition sur microscopes confocaux/spinning disk existants, et d'analyse des données. Un volet important consistera à établir les procédures opératoires standard (SOP), les critères de contrôle qualité et la documentation utilisateur, ainsi qu'à initier l'ouverture du service à une cohorte d'utilisateurs pilotes.

Activités :

• Standardisation du workflow SCALE : optimisation et documentation des protocoles de fixation, d'inclusion dans un hydrogel, de clearing et d'hybridation in situ pour des échantillons épais (organes sur puce, cerveaux de zebrafish en whole-mount, coupes de tissus).
• Contrôle qualité et benchmark : définition de critères d'acceptation des échantillons, de seuils de signal/bruit et de protocoles de validation des rounds d'hybridation.
• Documentation et transfert : rédaction des SOP, des protocoles utilisateurs et des supports de formation ; participation à la montée en compétences des agents permanents de la plateforme PBI (train-the-trainer).
• Relation avec les utilisateurs : collecte des retours d'expérience, ajustement des délais et des procédures de prestation.
• Veille et diffusion : participation au groupe de travail FBI Multiplexed Imaging et préparation d'un atelier de présentation du service (ex. MIFOBIO 2027).