Chercheur.euse en épidémiologie spatiale (H/F)

Vous exercerez votre activité au sein de l'Unité Mixte de Recherche Épidémiologie des maladies animales et zoonotiques, reconnue pour ses travaux combinant études de terrain et modélisation dans une approche One Health. Vous travaillerez en interaction étroite avec Guillaume FOURNIE et Xavier BAILLY, qui assureront l'accompagnement scientifique de votre projet. Vous serez basé.e sur le campus de VetAgro Sup, à Marcy-l'Etoile, à proximité de Lyon. En vous appuyant sur des projets financés en cours, des bases de données spatialisées disponibles et des collaborations établies avec les acteur.trice.s de la gestion des risques sanitaires, votre mission consistera à développer de nouvelles approches en épidémiologie spatiale afin d'améliorer la surveillance des maladies infectieuses animales. Ces travaux viseront en particulier à renforcer la capacité des dispositifs de surveillance à détecter précocement de nouvelles émergences, et à identifier les populations au sein desquelles la surveillance doit être priorisée, notamment lors d'épidémies. Ce poste aura également vocation à vous permettre d'affirmer votre capacité à définir, construire et porter une ligne de recherche propre en épidémiologie spatiale.

Vous serez en charge de :

• développer des cadres méthodologiques innovants permettant, d'une part, d'intégrer les dimensions spatiales et les réseaux de contacts et, d'autre part, de combiner des sources de données hétérogènes au sein de modèles représentant explicitement les processus épidémiologiques et d'observation. Pour cela, vous mobiliserez des méthodes d'inférence bayésienne ainsi que des développements récents en intelligence artificielle ;
• développer des pipelines d'analyse reproductibles et régulièrement actualisables, permettant l'intégration de nouvelles données et la production d'indicateurs spatiaux en temps quasi réel, afin d'appuyer la priorisation de la surveillance ;
• appliquer et évaluer ces approches sur plusieurs cas d'étude, qui pourront notamment porter sur la surveillance syndromique fondée sur les données de mortalité en élevage et dans la faune sauvage, la surveillance de l'influenza aviaire hautement pathogène chez les oiseaux sauvages et l'étude de la transmission de la tuberculose bovine en France. D'autres pathosystèmes pourront être mobilisés en fonction des opportunités scientifiques et des besoins des partenaires porteurs d'enjeux liés à la surveillance sanitaire ;
• construire et porter un programme de recherche en épidémiologie spatiale, en développant des collaborations au sein de l'Unité et avec ses partenaires nationaux et internationaux, en valorisant les résultats par des publications scientifiques, des logiciels et des méthodes réutilisables, et en contribuant au montage de nouveaux projets et à la recherche de financements. L'objectif étant de consolider durablement cet axe méthodologique au sein du collectif de recherche.

Niveau de diplôme minimum requis : Doctorat

Formation recommandée : Doctorat en épidémiologie, écologie, statistiques, physique, mathématiques appliquées ou dans une discipline quantitative apparentée.

Connaissances souhaitées : Solides connaissances en modélisation statistique spatiale et maîtrise d'au moins un langage de programmation adapté à l'analyse de données et à leur modélisation. Des connaissances en inférence bayésienne, en analyse de réseaux et en intelligence artificielle constitueraient un atout.

Modalités pour postuler : Merci de transmettre votre dossier de candidature comprenant un CV, une lettre de motivation et une note de positionnement scientifique de 1500 mots maximum présentant les principaux verrous méthodologiques ciblés par le poste ainsi que la stratégie scientifique concrète et argumentée que vous proposez pour y répondre dans le cadre de cette fonction.